AMPEI cuenta con un consejo directivo formado por miembros pertenecientes a diferentes universidades tanto públicas como privadas de todo el país. Este consejo es el encargado de definir la orientación de la asociación, definiendo las estrategias y actividades a seguir cada año en su plan de trabajo.

Con el propósito de apoyar a nivel regional el cumplimiento y los objetivos de la misión de AMPEI, se crearon los capítulos regionales, quedando estos conformados de acuerdo a la siguiente ubicación geográfica: